Коллекция «Фотоматериалы и негативы» насчитывает 22 936 единиц хранения, в том числе фотографии и фотоальбомы, негативы и грампластинки, а также аудиокассеты, кино- и видеофильмы.
Коллекция формировалась с начала существования музея и пополнялась посредством закупок, дарения от частных лиц и организаций, сборов сотрудников музея. В её состав входят фотографии из цикла «Архитектура Тобольска» - это редкие фотографии Тобольской каторжной тюрьмы конца XIX века, Кремля середины XX века, церквей, монастырей города Тобольска. В коллекции представлены снимки домов тобольских купцов, в которых в советское время располагались государственные учреждения. Большую значимость представляют снимки зданий, не сохранившихся до наших дней.
Очень ценны и фотографии коллекции «Тобольск в годы Великой Отечественной войны». В данном разделе представлены фотографии ветеранов Великой Отечественной войны, среди которых снимки Рогожина А.А. - Героя Советского союза, уроженца г. Тобольска, Муратова К.М. - директора школы № 15, Соловьева А.В. - директора школы № 1 , Сокерина А.Д. - ветерана НХК, групповые снимки тоболяков - участников обороны и прорыва блокады Ленинграда, участников Сталинградской, Курской битв.
Особое место занимает комплекс фотографий, созданный посредством этнографических экспедиций. «Золотой фонд» этой коллекции был сформирован, в основном, в конце XIX – начале XX вв. благодаря неутомимым изысканиям ученых-краеведов Г.М. Дмитрия-Садовникова, Б.Н. Городкова, Л.Р. Шульца, В.Н. Пигнатти и др., направляемых музеем и иными научными учреждениями к «вогулам» (манси), «остякам» (ханты) и «самоедам» (ненцам) Обского Севера.
Следует также выделить снимки деятелей культуры: артисты Тобольского драматического театра, писатели, поэты, косторезы города Тобольска. Среди них особый интерес представляют снимки начала XX века.
1. Артисты Тобольского драмтеатра сезона 1935-1936 гг. Курчанский Н.И., Глинская К.М.
2. Дом декабриста М.А. Фонвизина в Тобольске.
3. Муратов Камал Мазитович, участник Великой Отечественной войны.
4. Экспедиция Тобольского музея на р. Салым. Божества в кедровой роще, ю. Кинтусовы и Цингинские.
5. Экспедиция Дмитриева-Садовникова на р. Вах. Чувал в остяцкой юрте.
6. Экспедиция Дмитриева-Садовникова на р. Вах. Вид молодого 30-летнего остяка с верховьев р. Вах.
7. Вид Тобольского Кремля со стороны Знаменского монастыря.
8. Здание Тобольского театра.
Семья Корниловых
9. Корнилов Иван Николаевич. "Фотография В.А. Метенкова. Екатеринбург. Вознесенский пр. № 22".
10. Корнилов Е.И. с друзьями и любимым учителем словесности Симоновым. "Фотография Я.Я. Фидлермана".
11. Нина и Оля Корниловы. "Фотография В.Л. Туленкова в Тобольске".
12. Мария Ефремовна Корнилова на школьной производственной практике. "Фотографическое ателье Борисова в Барнауле".
13. Семья Е.И. Корнилова. "Фотография М. Уссаковской".
14. Маша - первенец Е.И. Корнилова. "Фотография Шустера".
15. Наталья Никитична, дочь О.И. Корниловой. "Фотография Е.Н. Курбатовой".
16. Корнилова Феликитата Васильевна. "Фотография с 1870 года путешествующего по всей России И.Е. Кесслера".
17. Корнилов Иван Иванович. "Фотография Г.В. Трунова".
18. Ольга и Всеволод - дети Корнилова И.И.
19. Нина - дочь Корнилова И.И.
20. Дочь Корнилова И.И. - Ольга.
Сибирское пароходство
21. Фотография. Пароход "А. Невский". 1923 – 1930 гг.
22. Фотография. Пароход "Коммунист". 1923 г.
23. Пароход "Усиевич" Иртышского пароходства. 1920-е годы.
24. Пароход "III Интернационал" Иртышского пароходства. Р. Обь, 1926 г.
25. Пароход "Алексей Буй" Иртышского пароходства. 1920-е годы
26. Пароход "III Интернационал". Д. Багаев. Семипалатинская обл., г. Павлодар. На пароходе председатель правления Госпара с командой. 7 сентября 1926 г.
27. Пароход Иртышского пароходства. Фот. Казакова. Р. Обь, Карская экспедиция. 1 августа 1929 г.
28. Команда парохода "Коммунар". СССР. 1938 г.
29. Пароход экспедиции "Александр". Экспедиция по исследованию рек Сосьвы и Тавды под руководством горного инженера Л.И. Подгаецкого. Фотография Кузиковского, г. Тобольск. 1887 г.
30. Пароход "Николай", на котором совершал путешествие наследник Николай Александрович от Сургута до Омска. Фотография И. Кесслера. 1891г.
31. Фотография. Организационная группа Иртышского Управления речного пароходства. г. Тобольск. 1931 г.
Юшков Иван Николаевич (1833-1877 гг.) – журналист, краевед, основатель Тобольского музея
32. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Юшков Н.Н. Фотография А.Э. Боярского.
Г. Омск. 1870-е годы.
33. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Юшков А.Н. Фотографический институт
Г. Локке, г. Казань. 1870-е годы.
34. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Семья Юшковых: И.Н. Юшков, А.И. Юшкова, А.И. Юшков, М.И. Юшкова и П.И. Юшков. г. Тобольск. 1875 г.
35. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Племянница Юшкова И.Н.- Надежда Александровна Сосунова - дочь его сестры Анфисы Николаевны. Замужем за начальником Тобольской тюрьмы Кислицким. 1870-е годы.
36. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Юшкова Е.А. Фотографический институт Г. Локке, г. Казань. 1870-е годы.
37. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Юшков Н.Н., Юшкова А.Ф. , Попова Ю.Е. 1870-е годы.
38. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Мать И.Н. Юшкова - Юшкова Анна Федоровна( Рычкова). 1870-е годы.
39. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Племянник Юшкова И.Н. Попов П.Е. 1870-е годы.
40. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Юшкова - Сосунова Анфиса Николаевна - сестра Юшкова И.Н. с семьей. 1870-е годы.
41. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Сестра Юшкова И.Н. 1870-е годы.
42. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Сестра Юшкова И.Н. Надежда с сыном Леонидом. Фотография И.Е. Кесслера, г. Тобольск. 1874г.
43. Альбом семейный с фотографиями родных и знакомых Ивана Николаевича Юшкова. 22 фото. Фото из альбома. Племянница Юшкова - Надежда Андреевна Юшкова - Горталева. 1870-е годы.